Die von Großfürst Géza im Jahre 996 gegründete Abtei verfügte aller Wahrscheinlichkeit nach von Anfang an über ein Archiv, dessen erstes Schriftstück der dem Kloster im Jahre 1001 vom hl. Stephan erteilte Privilegienbrief ist. Das Archiv führte seine Tätigkeit bis auf kleinere Unterbrechungen stets an seinem ursprünglichen Ort fort, nur unter der osmanischen Herrschaft wurde der Archivbestand an sicherere Orte verbracht, bzw. musste er nach der Auflösung des ungarischen Benediktinerordens unter Joseph II. bis Anfang des 19. Jahrhunderts nach Buda (Ofen) gebracht werden. Dank der sorgfältigen Verwahrung blieb der Großteil des frühen Urkundenbestands erhalten, so verfügt Pannonhalma über eine der reichsten und wertvollsten Urkundensammlungen aus den ersten Jahrhunderten der ungarischen Staatlichkeit. Neben der Privilegienurkunde des Klosters wird hier auch ein Konskriptionsbrief aus der Zeit von Ladislaus I. und die erste in ursprünglicher Form überlieferte päpstliche Urkunde Ungarns (von Papst Paschalis II., 1102) verwahrt. Einen wertvollen Teil des sog. Capsariums bildet die reiche Sammlung der Privaturkunden aus dem 12. Jahrhundert. Mit dem Schriftgut anderer mittelalterlicher Abteien gelangten zahlreiche ähnlich wertvolle frühe Urkunden nach Pannonhalma: die Gründungsurkunde der Abtei Tihany ist das älteste schriftliche Denkmal der ungarischen Sprache.

Im 17-18. Jahrhundert erweiterte sich der Archivbestand um das alte Schriftgut einiger wieder belebten Abteien (Bakonybél, Tihany, Dömölk), mehrerer ausgestorbener Klöster sowie des neuzeitlichen Archivguts der Abtei Zalavár, die sich erst Ende des 19. Jahrhunderts der ungarischen Benediktinerkongregation anschloss. Ab Ende des 19. Jahrhunderts bereicherten auch wichtige Familienarchive (von den Familien Guary, Chernel, Somogyi, Kende und Erdődy) als Depositen das Archiv. 1945 gelangte das Archiv der belgischen Prinzessin Stephanie und ihres Ehegatten, Elemér Lónyay, als Nachlass nach Pannonhalma.

In den Sammlungsbereich des Archivs gehören die Dokumente der Benediktiner-Erzabtei Pannonhalma und sämtlicher anderer Abteien und Ordenshäuser der ungarischen Benediktinerkongregation sowie ihrer Filialabteien und der Territorialabtei. Von diesen sind die Dokumente der Ordensleitung, aus den Ämtern des Erzabtes und der Prioren sowie des Generalkapitels hervorzuheben, in den Sammelkreis gehören aber auch die Dokumente der zum Orden gehörenden Schuleinrichtungen, Wirtschaftsämter und Unternehmen sowie die Unterlagen aus den Institutionen der Filialabteien. Der Archivbestand umfasst etwa 200 lfm.