A baptistákat 1905-ben ismerték el törvényes vallásnak Magyarországon, de gyülekezeteik már 1873-tól léteztek hazánkban. A baptista egyháznak nincsen jogfolytonossága a történeti előzményeket jelentő, 16–17. századi anabaptistákkal. A magyarországi baptista egyház legfőbb vezető szerve az országos közgyűlés, amely évenként beszámoló, négyévenként pedig választó gyűlést tart. Két közgyűlés közötti időszakban az egyháztanács a fő tanácskozó- és határozathozó szerv. A folyamatos ügyintézést a 13 tagú központi tanács biztosítja, amely szükség szerint, de legalább havonta ülésezik. A baptista egyház ügyvezető és képviseleti szerve a 4 tagú elnökség (egyházelnök, két alelnök és országos titkár).

Az 1948-ban létesült levéltár alapítója Kirner A. Bertalan (1884–1973) lelkész, egyháztörténeti kutató volt. Az intézmény célja a hazai és a határon túli magyar baptista vonatkozású történeti dokumentumok gyűjtése, megőrzése, tudományos feldolgozása és a kutatók rendelkezésére bocsátása. A levéltárhoz tartozik az a Történelmi Emlékgyűjtemény, melyet Szebeni Olivér (1928–) lelkipásztor és egyháztörténész hozott létre 1963-ban. Ez a gyűjtemény az írásos- és fényképanyag mellett több neves egyházi elöljáró tárgyi emlékeit is őrzi. A levéltár vezetője az új Baptista Missziói Központban állandó egyháztörténeti kiállítást rendezett, melyet neves állami és egyházi személyiségek jelenlétében 2000. március 19-én nyitottak meg.

A levéltár 1844-től kezdve őriz iratokat. Az egyházkormányzati iratok az 1870-es évektől, az egyházi közgyűlések, a bel- és külmissziós tevékenység iratai, jegyzőkönyvei 1912-től 1990-ig találhatók meg. Gazdasági és telekkönyvi ügyiratokat 1896-tól őriz a levéltár. Jelentős forrásértékű az 1874 és 1965 közötti időszak anyakönyvi sorozata, melynek adatai 1874-től a trianoni békediktátumig kiterjednek az egész történelmi Magyarország területére. Itt találhatók a Baptista Teológiai Akadémia dokumentumai is. Nem hiányoznak az anyaországtól elszakított területek és a nyugati világ magyar baptista gyülekezeteinek emlékei sem: lelkipásztorok és más missziómunkások kéziratai, illetve azok másolatai. A levéltár jelentős egyházi sajtógyűjteménnyel is rendelkezik.