A hódoltság Baranya megyei részén élő protestáns egyházközségek 1608-tól alkottak önálló kerületet, de 1714-ben ismét az alsódunamelléki kerület részét képezték, és nagyobbrészt a felsőbaranyai, kisebb részt az alsóbaranya-bács-szlavóniai egyházmegyékhez tartoztak. A Felsőbaranyai Református Egyházmegye életének központja a 20. század első harmadáig Siklós volt. Közgyűléseiket többnyire Harkányban vagy Siklóson tartották. Miután a baranyai egyházak a trianoni békeszerződéssel túlnyomórészt Jugoszláviába kerültek, 1952-ben a felsőbaranyai helyett megalakult a Baranyai Egyházmegye, amelynek határai pontosan a megyehatárt követik.

A református egyházmegyék igazgatásának általános gyakorlata szerint Baranyában is az esperesek szolgálati helyén halmozódtak fel az egyházmegye igazgatásával és gazdálkodásával kapcsolatos iratok. Egyházmegyei levéltáron hosszú évszázadokon keresztül hordozható levelesládákat értettek, amelyek esetenként a mindenkori esperes székhelyére vándoroltattak. Miután azonban egyre nagyobb igény az iratok biztonságos megőrzésére, az egyházmegye 1868. évi siklósi közgyűlésén úgy határoztak, hogy az egyházmegye levéltárát, a siklósi református lelkészlak egyik szobájában helyezik el, és felügyeletével, rendezésével lelkipásztort bíznak meg. Később azonban az 1902. évi egyházmegyei közgyűlés úgy döntött, hogy a levéltár kezelése az egyházmegyei közpénztárnokra bízatik. Az archívum kutathatóságának biztosítását és a segédletek készítését ekkor még nem tekintették levéltári feladatnak. A második világháború pusztításai elől a Felsőbaranyai Református Egyházmegye vezetősége igyekezett iratait biztonságba helyezni, de 1945 márciusában, a német áttörés alkalmával az esperesi iratok nagy része megsemmisült.

A Baranyai Egyházmegye 1954-ben levéltári anyagát állandó letétként a Dunamelléki Egyházkerület Ráday Levéltárában helyezte el. Bár egyes iratanyagok továbbra is Siklóson maradtak, ettől kezdve egyházmegyei levéltárosi tisztségre előadót nem jelöltek ki, és nem fektettek hangsúlyt az ott maradt iratanyag megóvására, rendezésére sem. Mivel a Ráday Levéltárban 1977-től hely hiányában nem tudtak több anyagot befogadni, a magyarbólyi gyülekezet ajánlotta föl templomát a levéltári anyag időszakos tárolására, mivel az 1970-es évektől Kovács Emil magyarbólyi lelkipásztor már amúgy a is sok iratot gyűjtött össze az elhagyott parókiákról és templomokból. 1982-re megtörtént a levél- és irattári anyag összegyűjtése a magyarbólyi templomban. Tíz év múlva azonban Magyarbólyon építési munkálatokat kezdtek, ezért a levéltárat 1992-ben a zengővárkonyi parókiára, majd onnét 1999 szeptemberében Pécsre telepítették, és a református kollégium gimnáziumának épületében helyezték el. Ebben az évben a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztere a levéltárat nyilvános magánlevéltárrá minősítette. Az az egyházmegyei oktatási komplexum székhelyén belül a levéltár 2009 nyarán új elhelyezést kapott, a korábbi intézeti lelkészlakásban, ahol lelkészi szakkönyvtár is kialakításra került. (A szakkönyvtár ugyanis 1990 után több ezer kötettel gyarapodott, elsősorban a németalföldi- hollandiai La Bouchere hagyaték, valamint Pákozdy László Márton budapesti teológia-professzor hagyatékának átvételével.) Végül 2011 októberében Andrási Marton Zsuzsanna levéltáros kezdeményezésére restitúcióként visszakerült a Ráday Levéltárból csaknem 300 raktári egység, köztük több nagyjelentőségű 18–19. századi irat.

A levéltár gyűjteményének törzsét az egyházközségek igazgatási és gazdasági iratai képezik, amelybe beletartoznak az anyakönyvek, az egyházi szervezetek üléseiről szóló jegyzőkönyvek és egyházi bírósági iratok. A legkorábbi, 1747-es anyakönyvi bejegyzések az okorági, nagyharsányi és botykai matriculákban találhatók. Az anyakönyveket magyar nyelven vezették. Latin és német nyelven történő bejegyzéseket a protokollumokban, egyházközségi levelekben találhatunk.