A korai középkorban egész Európában elterjedt bencés szerzetesség 996-ban jutott el Magyarországra, amikor Géza fejedelem monostort alapított „Pannónia Szent Hegyén” (Mons Sacer Pannoniae) Szent Márton tiszteletére. A monostort 1002-ben Géza fia, Szent István gazdag birtokadománnyal látta el és a montecassinói apátság kiváltságaival ruházta föl, tehát közvetlenül a Szentszék alá tartozott, valamint apátjának lelki hatalma volt a monostor birtokain, ami később önálló területi apátság kialakulásához vezetett. Tolnai Máté apát (1500–1535) a magyarországi bencés apátságokat szövetségbe (confoederatio) tömörítette, amelynek főapátsága Pannonhalma lett. 1586-tól Pannonhalma is végvár lett. A szerzetesi életet csak 1639-ben sikerült újraindítani. A 17. századtól Bakonybél és Dömölk, majd 1716-tól Tihany apátságai is Pannonhalmához tartoztak, minden szerzetes fölött közvetlenül a főapát rendelkezhetett. 1786-ban II. József föloszlatta az egész magyar bencés kongregációt, amelyet 1802-ben I. Ferenc császár állított vissza azzal a föltétellel, hogy a szerzetesek gimnáziumi tanítást vállalnak. A kommunista diktatúra alatt az egyház és állam közti megegyezés lehetővé tette, hogy 1950-től Pannonhalmán és Győrben két iskola és kollégium tovább működjenek. A területi főapátságot a győri egyházmegyéhez csatolták. Csak az 1989/90. évi rendszerváltás adott lehetőséget a magyar bencések számára, hogy visszatérjenek régi munkaterületeikre.
A Géza fejedelem által 996-ban alapított apátságnak minden valószínűség szerint kezdettől fogva volt levéltára, amelynek első darabja a Szent István által 1001-ben a monostornak adott kiváltságlevél. A levéltárat kisebb megszakításokkal mindig eredeti helyén őrizték, csak a török hódoltság idején menekítették biztonságosabb helyekre, illetve a II. József-féle feloszlatáskor került a 19. század elejéig Budára. A gondos őrzésnek is köszönhetően korai okleveles anyaga nagyrészt megmaradt, így Pannonhalmán található a magyar államiság első századaiból származó oklevelek egyik leggazdagabb, legértékesebb gyűjteménye. A monostor interpolált kiváltságlevele mellett itt őrzik a Szent László korából származó összeírólevelet és az első hazánkban található, eredeti pápai oklevelet (II. Paschalis, 1102). A Capsarium értékes részét képezi a 12. századi magánoklevelek nagy száma. Más középkori apátságok iratanyagával több, hasonlóan értékes, korai oklevél került Pannonhalmára: a tihanyi apátság alapítólevele a magyar nyelv legrégibb szórványemléke, Dávid herceg adománylevele Szent László pecsétjét őrizte meg számunkra. Szintén 11. századi a bakonybéli apátság javainak Szent László-kori összeírása.
A levéltárat egy 13. század elejéről származó oklevél szerint a kincstárban őrizték. A tatárjárás előtt készült chartularium, a Liber Ruber okleveleinek csoportosítása valószínűsíti, hogy a királyi és a pápai okleveleket elkülönítve tárolták. Ezt részben megerősíti a levéltár 1400 körül 3 fólióra írt leltára, amely hazánkban először látta el jelzetekkel az egyes okleveleket. A jegyzék szerint ekkor a könyvtárban tárolták a dokumentumokat, de a rendi levéltártól elkülönítették a 13. századtól működő hiteleshely iratanyagát. Az archivum a török hódoltság idején megfordult Veszprémben, Nyitrán, Győrben és Bécsben is. Az iratanyagot a 18. század elején rendezték capsákba és fasciculusokba, valamint hozzájuk másolati könyveket és mutatókat készítettek. 1723-ban újjáéledt a főapátság hiteleshelyi működése is, ehhez új pecsétnyomót készítettek. A 19. században a három évtizeden át levéltárosként működő Czinár Mór folytatta a rendezést és a segédletkészítést. 1866-ban alakították ki a főapáti iratok sorozatát, iktatókönyvvel és tárgymutatóval, és szintén a 19. század derekától külön gyűjtötték a rendi gazdálkodás iratait. A századfordulón Récsey Viktor a Capsarium okleveleit időrendi sorozattá alakította.
A levéltár állománya a 17–18. században kiegészült az újjáalakult apátságok (Bakonybél, Tihany, Dömölk) és több elenyészett apátság régi levéltári anyagával, majd a Magyar Bencés Kongregációhoz csak a 19. század végén csatlakozott zalavári apátság újkori levéltárával. Az intézmény a 19. század végétől jelentős családi letétekkel (Guary, Chernel, Somogyi, Kende, Erdődy család) gazdagodott. 1945-ben örökhagyás címén került Pannonhalmára Stephanie belga királyi hercegnő és férje, Lónyay Elemér herceg levéltára.
A levéltár gyűjtőkörébe tartozik a Magyar Bencés Kongregáció Pannonhalmi Főapátságnak, valamennyi apátságának és rendházának, a kongregáció függő házainak és a Területi Apátságnak az iratai. Ezek közül is kiemelkednek a rendi kormányzat, a főapáti és perjeli hivatalok valamint a nagykáptalan dokumentumai, de a gyűjtőterület fontos részét képezik az oktatási intézmények, a gazdasági hivatalok és gazdasági társaságok, valamint a függő házak intézményeinek iratai is. A levéltár anyagának mennyisége mintegy 200 ifm.
