Az iratképző szervek (központi hivatalok, tanszékek) munkája nyomán keletkezett iratok mellett a hallgatók tanulmányi nyilvántartásait és a tanácsülési jegyzőkönyveket gyűjti az 1986-ban alapított levéltár. Az archívumban találhatók továbbá egyedi adományok (pl. diplomák, életrajzi összefoglalók, állatorvos-történeti kéziratok). A 115,12 ifm terjedelmű iratanyag legrégebbi és egyben legértékesebb darabjai közé tartozik az „Extractus protocolli Instituti Veterinarii 1787-1815”. A levéltári anyag feldolgozása során az egyes nagyobb irategyüttesek (fondok) kialakításakor az intézmény szervezeti változásait vették figyelembe.

1786. december 12.-én adta ki II. József az Állatgyógyászati Tanszék alapításáról illetve Tolnay Sándor kinevezéséről szóló rendeletet. A tanszék a pesti királyi magyar tudományegyetem Orvostudományi Karán kezdte meg működését 1787 nyarán. Az 1790-es évek végétől a tanszék mellett a gyakorlati képzéssel és gyógyászattal foglalkozó Állatgyógyintézet is működött.

1851. augusztus 10. Az Állatgyógyászati Tanszéket és Állatgyógyintézetet leválasztották a tudományegyetemről, ezt követően Pesti cs. kir. Állatgyógyintézet néven működött tovább.

1860. december 4. A magyar nyelvű oktatás bevezetésével egyidejűleg az intézmény elnevezése Pesti m. kir. Állatgyógyintézetre változott.

1869. március 8. A pesti m. kir. Állatgyógyintézet a vallás- és közoktatásügyi minisztériumtól a földmívelés-, ipar és kereskedelemügyi minisztérium fennhatósága alá került.

1875. szeptember 22. Az uralkodó jóváhagyta az új szervezeti szabályzatot, az intézmény elnevezése ekkortól: Magyar kir. Állatorvosi Tanintézet.

1890. szeptember 29.-én szentesítette az uralkodó az újabb szervezeti szabályzatot, amely alapján a tanintézet Magyar kir. Állatorvosi Akadémiává alakult át.

1899. február 11. Az akadémia főiskolai rangra emelkedett, a Magyar kir. Állatorvosi Főiskola élén már kinevezett rektor állt, amely

1906-ban a doktorrá avatás jogát is elnyerte.

1934-1945. Az állatorvosi képzés az 1934. évi X. törvénycikkel létrehozott Magyar kir. József nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Mezőgazdasági és Állatorvosi Karának Állatorvosi osztályán folyt.

1945 nyarán miniszterelnöki rendelettel állították fel a Magyar Agrártudományi Egyetemet, amely több más fakultással együtt magába foglalja az Állatorvostudományi Kart is.

1952. október 13. A kar kivált a Magyar Agrártudományi Egyetemből és Állatorvostudományi Főiskola néven önállósult.

1962-ben, alapításának 175. évfordulóján az intézmény megkapta az Állatorvostudományi Egyetem címet és rangot.

2000. január 1. Gödöllői központtal megalakult a Szent István Egyetem, melybe az egyetem Állatorvostudományi Karként integrálódott be.

2016. július 1.: az Állatorvostudományi Kar kiválik a Szent István Egyetemből, s ismét létrejön az önálló Állatorvostudományi Egyetem.

2020. augusztus 1.: az Állatorvostudományi Egyetem fenntartója a Marek József Alapítvány.

A levéltár állománya: 169 fondba sorolva 175,34 ifm.

Fond és állagjegyzék elérhető itt.