Szent István király föltehetően 1002-ben, az első püspökségek között szervezte meg a kalocsai egyházmegyét, melynek élére Asztrik személyében a király egyik legfontosabb támasza került. Nagy szerepe lehetett abban, hogy a püspökség – minden bizonnyal még Szent István életében – érseki rangra emelkedett. A középkori érsekség központja eleinte Kalocsa volt, majd az érsekek az 1090-es évektől egy évszázadon át Bács várában tartózkodtak. Így alakult ki az 1968-ig megőrzött kettős név: kalocsa-bácsi érsekség. Az első világháború után az egyházmegye plébániáinak kétharmada Magyarország határán kívülre került. 1923-ig a bácskai részeket a kalocsai érsek helynöke kormányozta, majd a Szentszék létrehozta a Szabadkai (Bácsi) Apostoli Adminisztratúrát, amelyből később, 1968-ban püspökség lett. 1993-ban II. János Pál pápa rendelkezése folytán az egyházmegye észak felé új területekkel gyarapodott, sőt neve is megváltozott. A Kalocsa-Kecskeméti Főegyházmegye ettől kezdve Bács-Kiskun megye területével azonos.
A középkori érseki és káptalani levéltárak szinte teljes egészében elpusztultak a törökök 1529-es bevonulását követően, az oklevelek néhány darabját sikerült csak – gyűjtés útján – az újkori érsekeknek megszerezniük. Az újkori érseki levéltár iratanyaga csak Patachich Gábor érsek idejétől (1733–1745) nevezhető folyamatosnak. 1733-tól maradtak fönn az érsekeknek protokollumai, amelyekhez mutató is készült. A levéltár 1765-ben, Batthyány József érsek alatt (1760–1776) a szeminárium új épületében kapott helyet, ekkoriban készült el első rendszeres lajstroma is. A 19. század elején berendezésével együtt az érseki palota nyugati szárnyának földszinti végébe költöztették, anyaga nagyrészt ma is ott található. Többszöri változtatás után a 19. század második felében alakult ki az érseki hivatal végleges (folyószámos, tárgyszavas) iratkezelési rendje, ebbe a rendszerbe illesztették be a régebbi iratokat is. Az anyag módszeres középszintű rendezése az 1990-es években készült el.
A káptalani levéltár 18. századtól induló anyagát a főszékesegyházban, a káptalani sekrestye feletti helyiségekben tárolták, innen költöztették át 1950 körül az érseki palotába. A káptalan testületére vonatkozó magániratokon kívül megtalálhatók benne az alapítványkezelői tevékenység és a káptalani uradalom iratai is, továbbá – külön egységként – a hiteleshelyi levéltár. Utóbbit az 1950. évi államosítást követően 1973 januárjában Kecskemétre, a Bács-Kiskun Megyei Levéltárba szállították, ahonnét az érsek és a nagyprépost kérésére 1997 szeptemberében került vissza Kalocsára.
A gazdasági levéltárat az érseki uradalom szerveinél (jószágkormányzóság, mérnöki hivatal, ügyvédi iroda, számvevőség, stb.) fölhalmozódott iratok alkotják az egyházmegye török hódoltság utáni újjászervezésétől az 1945-ös földreformig. Térképgyűjteményének segítségével nyomon követhetőek az érseki birtokviszonyok változásai. A gazdasági levéltár anyaga az egykori mérnöki hivatal pajtájában található iratok begyűjtésével, illetve az érseki levéltár uradalmi iratainak leválasztásával, 1986-ban került jelenlegi tárolási helyére, Katona István kanonok, történetíró házába. 1986–1999 között Kalocsa városa kezelte, majd 2000-től az épülettel együtt ismét egyházi tulajdonba került és a főegyházmegyei levéltár része lett.
