Mindszenty József (1892–1975) bíborost, esztergomi érseket a kommunista hatóságok 1948-ban letartóztatták majd koncepciós perben életfogytiglani börtönbüntetésre ítélték. 1956-ban a budapesti amerikai követségre menekült, míg 1971-ben megengedték, hogy elhagyja Magyarországot. Ezt követően elsősorban a külföldön, szétszóratásban élő magyarság pasztorációjával foglalkozott, egészen az esztergomi érseki székből való fölmentéséig (1973), sőt utána is. Ekkor, 1972-ben hozta létre Lichtensteinben a Mindszenty Stiftung-ot, elsősorban azzal a céllal, hogy támogassa a magyar, keresztény, karitatív és kulturális intézményeket és szervezeteket. Az alapítvány másik célja a bíboros írói hagyatékának gondozása volt. Ezeket a célkitűzéseket az 1994-ben létrejött Magyarországi Mindszenty Alapítvány is magáévá tette.

Mindszenty József halála után emigrációs éveiből származó irathagyatékának nagyobb részét Mariazellben, egy kisebb, de értékesebb részét pedig Vaduzban (Lichtenstein) tárolták. Az iratokat elsődlegesen az 1970-es és 1980-as években Galovits Geraldine nővér rendezte, aki tematikus dossziékat alakított ki (Mindszenty a börtönben, A bíboros és a magyar forradalom, Levelezések a követségről, Levelek VI. Pálhoz, Emlékiratok; Hit és erkölcs a kommunista Magyarországon, stb.).

1994 októberében az egész anyagot Magyarországra telepítették. Ekkortól a hagyaték tulajdonosa és kezelője a Magyarországi Mindszenty Alapítvány, amely 1996 óta levéltárát nyilvános magánlevéltárként működteti. A levéltár az Alapítvány központjaként is funkcionáló Majthényi László Szalézi Rendházban (Felső Svábhegyi út 12.) került elhelyezésre, ahol vezetője Szőke János szalézi szerzetes volt. Halála után, 2012 nyarán Kovács Gergely vezetése alatt az alapítvány és a levéltár is a jezsuita rend Horánszky utcai házába költözött.

A levéltár nemcsak a bíboros hagyatékából álló „törzsanyagot” őrzi, hanem azt további másolatokkal is gyarapítja. 2003-ban jutott például a levéltár birtokába a washingtoni Nemzeti Levéltár Mindszenty bíborosra vonatkozó anyagainak, 2004-ben pedig a bíboros utolsó titkárának Mészáros Tibor irathagyatékának másolata. Emellett sok magánszemély, illetve intézmény is eljuttatta a levéltárba a Mindszenty Józsefhez kapcsolódó írásos vagy képi emlékeit.